1029 : Geoffroy II, Seigneur de Nogent, fonde l’Abbaye Saint Denis ; 27 moines s’y installent. Ils obéissent à la règle de Saint Benoît.
Dés 1080 : Le successeur de Rotrou, Geoffroy III, qui prend le titre de Comte du Perche, fait don du monastère à l’Abbaye de Cluny. Jusqu’à la fin du Moyen Age, le monastère est très puissant.
A partir du XVè siècle, la nomination par le roi des commanditaires s’accompagne d’un renouveau et d’un changement de statut : Les moines se voient attribuer en 1460 la direction des écoles de Nogent et le droit d’enseigner dans le monastère.
1788 : La communauté est dissoute par le Pape, mais les derniers moines continuent à habiter à Saint Denis jusqu’en 1792.
1800 : Les bâtiments de l’Abbaye sont vendus comme biens nationaux. C’est le Sieur Rouvray qui les achète. Il en démolit une grande partie pour en utiliser les matériaux. Le clocher est abattu la même année.
1806 : La ville de Nogent le Rotrou achète ce qui reste des bâtiments. Sur décret de Napoléon 1er, il est décidé d’y installer :
- Une caserne
- Un tribunal de Première Instance
- Une maison d’arrêt
- Une école secondaire, en remplacement de celle qui était située dans les locaux de l’Hôtel Dieu (actuellement ancien hôpital et presbytère de Notre-Dame)
1808 : L’école secondaire devient Collège.
1923 : La ville de Nogent le Rotrou achète la Maison du Bailly, située au 47 de la rue Saint Laurent. C’est désormais l’entrée du collège.
Entre 1948 et 1952, d’importants travaux de rénovation et de restauration sauveront les bâtiments de la ruine. C’est à cette époque que la salle capitulaire fut rénovée et transformée en réfectoire. A cette époque collège et lycée étaient au même endroit.
1971 : Le lycée déménage rue Bretonnerie dans des locaux flambant neufs, quant au collège, il s’ agrandit : on le flanque des bâtiments D et G, bâtiments démolis aujourd'hui.
1973 : Le "nouveau" collège ouvre ses portes.
2010 : Le modulaire construit en 1971 est démoli à son tour. sur son site, un nouveau bâtiment est en construction.
2012 : La reconstruction du collège est terminée, il est inauguré le 15 mars 2012
Quant au réfectoire proprement dit, c’est l’ancienne salle du Chapitre (ou salle capitulaire) du XVe siècle.
Les moines y venaient chaque matin pour écouter le sermon du prieur. C’est dans cette salle que furent rédigées les "Coutumes du Perche en 1558.